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为贯彻16号文精神，财政部、税务总局出台了《财政部、国家税务总局关于＜关于个人独资企业和合伙企业投资者＞征收个人所得税的规定＞的通知》（财税【2000】91号）（以下简称：91号文）。第四条规定个人独资企业和合伙企业（以下简称企业）每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，作为投资者个人的生产经营所得，比照个人所得税法的“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5％—35％的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。
不执行企业合伙事务的自然人有限合伙人，按“利息、股息、红利所得”应税项目，适用20％的税率。
合伙制股权基金中个人合伙取得的收益，按照“利息、股息、红利所得”项目征收个人所得税，税率为20％。
自然人为有限合伙人，按“利息、股息、红利所得”项目征收个人所得税，税率为20％；自然人普通合伙人，既执行合伙业务又为基金的出资人的，取得所得能划分清楚时，对其中的投资收益所或股权转让收益部分，税率适用20％。
执行合伙事务的自然人普通合伙人，按“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5％－35％税率；不执行合伙事务的自然人有限合伙人，按“利息、股息、红利所得”应税项目，适用20％税率。
不执行企业合伙事务的自然人有限合伙人，按“利息、股息、红利所得”应税项目，适用20％的税率。
执行合伙事务的自然人普通合伙人，按“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5％－35％税率；不执行合伙事务的自然人有限合伙人，按“利息、股息、红利所得”应税项目，适用20％税率。
可见，自然有限合伙人的个人所得税征税规定，各地都是按照“股息、红利所得”以20％税率征税。而自然人普通合伙人的股息、红利个人所得税规定存在较大差异。上海、深圳、杭州等地区做法统一按照5％－35％征收，而北京则是不分普通合伙人和有限合伙人，一律按照20％征收；而天津则要求按照合伙人根据不同收入的性质区分，分别用不同税务处理方法。
如前所述，在新《合伙企业法》实施前，合伙企业自然人的收入主要分为生产经营所得和股息、红利所得。根据91号文的规定，生产经营所得比照比照个人所得税法的“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5％—35％的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。同时，针对股息、红利所得，84号文特殊列举出来，不属于合伙企业的生产经营所得，按“利息、股息、红利所得”项目计算个人所得税，适用20％的税率。
然而随着新《合伙企业法》的实施，以股权投资作为唯一经营模式的有限合伙形式的出现，自然人股息、红利所得如何征收个人所得税存在两种政策可以适用，便出现了较为混乱的局面。要么以91号文的规定，作为主营业务收入，比照生产经营所得按5％－35％的税率征收；要么按照84号文的规定，比照股息、红利所得按20％的税率征收。正因为在国家立法层面没有明确股息、红利所得个人所得税适用政策，导致各地在执行层面出现了诸多差异。但在现行立法背景下，适用不同的税率征收个人所得税并不存在违法。
《财政部、国家税务总局、住房和城乡建设部关于调整房地产交易环节契税、个人所得税优惠政策的通知》（财税〔2010〕94号）第一条第一款规定：对个人购买普通住房，且该住房属于家庭（成员范围包括购房人、配偶及未成年子女）唯一住房的，减半征收契税。对个人购买90平方米及以下普通住房的，且该住房属于家庭唯一住房的，减按1％税率征收契税。
例如：甲乙因单位调动有各自换房的需求。甲有一套房，价格80万元，乙有一套房，价格100万元，双方均无按揭和抵押。如果甲乙达成协议，甲再支付乙20万元房款，双方进行房屋互换。那么甲乙都享受契税的优惠，甲只需缴纳20×3％＝0。6万元契税，乙不需要缴纳契税。如果按照先卖再买的处理方法，甲则需缴纳契税100×3％＝3（万元），乙需缴纳契税80×3％＝2。4（万元）（不考虑契税税率优惠）。
不同税率的应税消费品应分开核算、申报增值税和消费税是属于交叉征收的税种。出口应税消费品在出口报关时，往往既涉及增值税的退（免）税，同时也涉及消费税的退（免）税，因此，通常所说的出口退（免）税，主要指的就是退（免）增值税和消费税。而消费税和增值税不同之处则在于退税税率的确定和出口应税消费品退税的计算上。
税法规定，企业应将不同消费税税率的出口应税消费品分开核算和申报，凡划分不清适用税率的，一律从低适用税率计算应退消费税税额。